Questa sezione comprende i Corsi di Perfezionamento (Phd Programmes) e i Dottorati Internazionali di Ricerca attivi presso la Scuola Superiore Sant'Anna. A questi corsi, riservati ai possessori di Laurea Magistrale o equipollente, è possibile accedere solo a seguito dei concorsi pubblici banditi annualmente dalla Scuola.

I Corsi di Perfezionamento durano tre anni e sono legalmente equiparati al Dottorato di ricerca sulla base della legge 14 febbraio 1987, numero 41, istitutiva della Scuola Superiore Sant'Anna.
I Corsi di Perfezionamento sono rivolti a giovani e brillanti laureati scelti con un concorso nazionale per titoli e per colloquio: una modalità particolare che mira a selezionare candidati con spiccate attitudini alla ricerca scientifica ed alla elaborazione interdisciplinare, come pure a potenziare il grado di internazionalizzazione dei corsi, favorendo la partecipazione al concorso di candidati stranieri.

Per la Scuola Superiore Sant'Anna i Corsi di Perfezionamento costituiscono un compito istituzionale rilevante, per realizzare una forte sinergia tra formazione, ricerca di base e ricerca applicata, con una particolare attenzione alle istanze di innovazione provenienti dai settori industriali e produttivi come da quelli delle istituzioni pubbliche, così da assicurare un continuo raccordo ed una continua interazione tra ricerca e formazione, tra università , società e territorio.

Gli allievi dei Corsi di Perfezionamento affrontano un percorso articolato caratterizzato da una serie di impegni. L'attività didattica è concordata con i docenti, scegliendola sulla base del proprio percorso formativo.

L'attività seminariale può vedere impegnati gli allievi perfezionandi come uditori, ma anche come relatori. L'attività di ricerca è integrata da soggiorni presso altre istituzioni (universitarie e non) italiane e straniere, come da un'apposita formazione linguistica. Ogni allievo è seguito da un Collegio dei docenti che ha il compito di verificare in maniera costante il percorso formativo e di seguirne le attività di ricerca, il cui fine consiste nella stesura di un lavoro di ricerca originale e di rilevante valore scientifico, oggetto della tesi di perfezionamento.