A partire dall’anno accademico 2009 – 2010, la Scuola Superiore Sant’Anna di Pisa ha integrato la propria offerta formativa con alcuni Corsi di Laurea Magistrale in convenzione con altri atenei italiani e stranieri, così come previsto dal suo Statuto (art. 6, comma 1, lettera b).
Queste nuove iniziative didattiche intendono valorizzare le peculiarità istituzionali prevedendo modalità diverse di realizzazione dei progetti formativi per rispondere con flessibilità alle esigenze dei Settori della Scuola Superiore Sant'Anna, del contesto universitario nazionale e di quello internazionale.
I Corsi di Laurea Magistrale sono attivati in base ai seguenti elementi distintivi:

• progetti formativi di alta specializzazione, con spiccate connotazioni in  termini di interdisciplinarietà, internazionalizzazione e/o innovazione;
• corsi esclusivamente in  lingua  inglese ed orientati ad una domanda internazionale;
• alta selezione degli studenti, attraverso prove di  accesso che garantiscano la qualità dei candidati in linea con i criteri di eccellenza propri della Scuola Superiore Sant’Anna;
• programmi didattici di assoluta avanguardia che integrano e valorizzano le competenze e le esperienze delle Università coinvolte e mirano alla formazione di profili professionali innovativi.

Integrano ulteriormente l’offerta formativa della Scuola Superiore Sant’Anna i Graduate Programmes, percorsi formativi attuati in convenzione con prestigiose università italiane e straniere, ispirati alla tradizione istituzionale dei Corsi ordinari e dunque caratterizzati da requisiti di eccellenza, obblighi didattici e frequenza.

Al termine di tali percorsi viene rilasciato un doppio titolo, la Laurea Magistrale ed il Diploma della Scuola Superiore Sant'Anna.