Sono due le associazioni che, negli anni, si sono sviluppate al Sant'Anna: quella degli allievi ordinari e perfezionandi, da una parte, e quella degli ex-allievi della Scuola, dall'altra.

Le due associazioni sono una testimonianza concreta di come l'esperienza collegiale sia la caratteristica fondante della Scuola. Le numerose attività promosse, diverse delle quali aperte al pubblico, sono il segno di un forte legame che va oltre la condivisione di un periodo di studio.

La collegialità diventa al Sant'Anna il fattore unificante per rappresentare i valori dell'interdisciplinarietà e della trasversalità degli allievi, indipendentemente dai corsi di studio frequentati.